Matthias Aberle wurde als Sohn eines Lehrers am 20.02.1784 in Immendingen geboren. Ab 1796 erhielt er seine erste medizinische Ausbildung durch einen Wundarzt. Ab dem Jahre 1801 setzte er seine Ausbildung an der Universität Innsbruck fort promovierte im Jahre 1806 zum Doktor der Medizin. Drei Jahre später promovierte er auch noch als Chirurg.

Als fertiger Chirurg wirkte er im Jahre 1809 in Militärspitälern im Innsbruck und Hall in Tirol. In jener Zeit des Tiroler Volksaufstandes unter Andreas Hofer erlangte er eine gewisse Berühmtheit.

Im Jahre 1811 wurde er an die Schule für Landwundärzte in Salzburg, das zu jener Zeit noch bayerisch war, berufen. Dort trat er die Professur der Anatomie und Physiologie an. Als Salzburg durch den Wiener Kongress wieder an Österreich fiel, bot man ihn eine Professur an der Universität Landshut an, was Aberle jedoch »aus Liebe zu Österreich« ablehnte.

Im Jahre 1819 wurde die Schule in eine medizinisch-chirurgische Lehranstalt umgewandelt. Er machte sich als Gründer einer anatomisch-physiologischen und eines anatomisch-pathologischen Museums einen Namen. Neben seinen universitären Aufgaben praktizierte er auch noch als Mediziner und legte seinen Schwerpunkt auf Kinderkrankheiten.

Aberle veröffentlichte auch zahlreiche Aufsätze in Zeitungen und Zeitschriften. Nach einer Erkrankung am Auge im Jahre 1827 konnte er ab 1836 seine wissenschaftlichen Arbeiten wegen des Grauen Stars nicht mehr fortsetzen.

Matthias Aberle verstarb am 05.03.1847 nach einer kurzen Krankheit in seiner Wahlheimat Salzburg. Seine letzte Ruhestätte fand er auf dem Sebastiansfriedhof.