Am 13. eventuell auch am 18.05.1738 wurde dem evangelischen Pfarrer Johann Baldinger aus Großvarqula der Sohn Ernst Gottfried geboren. Zunächst wurde der Knabe für eine theologische Ausbildung vorgesehen um in die Fußstapfen des Vaters zu treten. Während seines Studiums an der Universität Erfurt wendete sich der Student jedoch dem Medizinstudium zu.

Später wechselte er nach Halle an die Saale und nach Jena. Im Jahre 1760 erwarb er den Doktorgrad der Medizin. Zunächst hielt er Vorlesungen in Medizin und entschloss sich dann, in Erfurt zu habilitieren.

Während des Siebenjährigen Krieges trat er als Arzt in preußische Militärdienste. In dieser Zeit erlebte er die Belagerung der Festung Torgau und erhielt im Jahre 1762 die Erlaubnis, seine medizinischen und philosophischen Studien fortzusetzen. Am 30.04.1762 wurde ihm die philosophische Magisterwürde übergeben und er immatrikulierte sich für weitere Studien am 14.10.1762 in Leucorea.

Im folgenden Jahr ließ er sich als Arzt in Langensalza nieder, wo er auch 1768 habilitierte. Im Jahr 1764 heiratete er Dorothea Friederika Gutbier in Ufhoven. Sie war die Tochter des Pfarrers Johann Christian Gutbier.

Baldinger wurde nicht nur durch seine medizinische Tätigkeit sondern auch durch seine schriftstellerischen Leistungen bekannt. So erhielt er im Jahre 1768 einen Ruf als Professor an die Medizinische Fakultät in Jena. Im Jahre 1773 folgte er einem Ruf nach Göttingen und im Jahre 1783 wurde er von Friedrich II. von Hessen-Kassel (1720-1785) zum Dirigenten der Medizinischen Angelegenheiten des Landes und zu seinem Leibarzt ernannt und zog mit seiner Familie nach Kassel.

Auch seine Ehefrau Dorothea Friederika war schriftstellerisch tätig. Neben einigen kleineren Veröffentlichungen im »Magazin für Frauenzimmer«. Ihr Hauptwerk, das zwischen 1778 und 1782 entstand und unter dem Titel »Versuch über meine Verstandserziehung« erschien erst Jahre nach ihrem Tode. Sie weigerte sich es zu publizieren, obwohl auch ihr Gatte einer Veröffentlichung positiv gegenüberstand. Erst im Jahre 1791 erschien es postum unter den Titel »Lebensbeschreibung von Friederika Baldinger von ihr selbst verfaßt«. Herausgeberin war auf ausdrücklichem Wunsche des Witwers die Schriftstellerin Sophie von La Roche. Sie war eine langjährige Freundin der Verfasserin.

1785 wurde Ernst Gottfried Baldinger an die Universität Marburg als erster Professor für Medizin berufen. In seiner Amtszeit baute der Mediziner das anatomische Theater um und vergrößerte den botanischen Garten. Er richtete ein chemisches Labor neu ein und gründete ein Hebammen-Institut und eine Tierarzneischule.

Zu seinen Schülern gehörten Justus Arnemann (1763-1807), Johann Christian Gottlieb Ackermann (1756-1801), Johann Friedrich Blumenbach (1752-1840), Johann Friedrich Meckel (1781-1833), Samuel Thomas Sömmering (1755-1830) und Johann Christian Wiegleb (1732-1800).

Baldinger war einer der bedeutendsten Mediziner seiner Epoche. Seine Schriften erweckten bei seinen Zeitgenossen einen Sinn für das Studium der klassischen Medizin und medizinische Literaturgeschichte. Seit dem Jahre 1766 arbeitete Professor Baldinger auch an verschiedenen Zeitschriften mit. Er schrieb eine Vielzahl historischer und literarischer Artikel, wobei er biografische Mitteilungen und literaturgeschichtliche Beiträge verfasste. In einer Vielzahl von Gelegenheitsschriften stellte er auch kritische Untersuchungen zur älteren Medizin an.

Baldinger war Mitglied in der Freimaurerloge »Friedrich von der Freundschaft« in Kassel.

In zweiter Ehe war der Mediziner seit 1787 mit Caroline Lisette Drebing. Im Jahre 1790 wurde ihnen die Tochter Fiederike Ernestine geobren, die später den Medizinprofessor und Marburger Leibmedicus Georg Theodor Christoph Handel. Seine zweite Tochter Friederike Wilhelmine Amalie heiratete Darmstädter Hofgerichts-Advokaten Bernhard von Gehren.

Ernst Gottfried Baldinger starb am 21.04.1804 an den Folgen eines Herzschlags. Nach seinem Tode wurde seine umfangreiche Bibliothek durch Kauf in den Bestand der Hof- und Landesbibliothek Darmstadt integriert.

Heute ist im Marburger Universitätsviertel Lahnberge die Baldingerstraße benannt.