Geboren wurde Johann Ludwig Klüber am 10.11.1762 in der Stadt Tann an der Ulster, drei Monate bevor der Hubertsburger Frieden den Siebenjährigen Krieg beendete. Er entstammte einer Familie von Juristen. Sein Vater war Johannes Klüber, der zu jener Zeit Kantonsarchivar war und Philippine Charlotte Calmberg,. Sein Großvater und Taufpate war Johann Ludwig Calmberg, der Justizbeamter in Gersfeld war, und der Bruder der Mutter, der dem Vater als Gerichtshilfe assistierte.

Seine erste schulische Bildung erhielt der Knabe unter der Aufsicht seines Großvaters Johann Ludwig Calmberg in Gerssfeld. Es folgte der Besuch der Stadtschule in Schlitz, in der Nähe von Fulda gelegen. Der schulische Unterricht wurde durch den Legationsrat Schweutzel, einem väterlichen Freunde, unterstützt, da den Knaben die damaligen Lehrmethoden nicht lagen. Zwischen 1775 und 1778 kehrte der gerade einmal 13 Jahre alte Klüber ins elterliche Heim zurück, wo er durch den Theologen Vey unterrichtet wurde. Dieser war ein sehr geschickter Hauslehrer, durch dem er mit den alten Klassikern erstmals in Berührung kam. In dieser Zeit unterstützte er seinen Vater auch bei der Wahrnehmung seiner juristischen Geschäfte.

Im Herbst 1778 besuchte der junge Klüber das Städtische Gymnasium der Reichsstadt Schweinfurt. Diese sollte ihn auf sein späteres Studium vorbereiten. Hier lebte er im Hause seines Lehrers J. H. Pollich, der ebenfalls eine Kanzlei in seinem Hause betrieb.

Im Oktober 1780 begann er sein Studium an der Akademie Erlangen, doch bereits im folgenden Frühjahrssemester wechselte er nach Giesen. Doch auch dort hielt es ihn nur eine kurze Zeit, sodass er im Frühjahr 1781 für zwei Jahre an der Universität Leipzig studierte. Hier besuchte er die Vorlesungen von Hofgerichtsrat Seger und den Professoren Reiz und Clodius.

Zunächst plante er nach seinem Studium in die Dienste der russischen Zarin Katharina II. einzutreten. Noch während er dieser Idee anhing, entstand bei ihm jedoch der stärkere Wunsch eine akademische Laufbahn einzuschlagen. So begab er sich im Jahre 1784 nach Erlangen, wo er zunächst seine Dissertation »de Ariniannia« verfasste und durch ihre Verteidigung am 13.04.1785 den akademischen Doktorgrad erwarb. Ihm wurde auch die Erlaubnis erteilt als Privatdozent tätig zu werden.

In seiner wissenschaftlichen Anfangszeit verfasste der junge Akademiker zahlreiche Schriften, in denen er seine tiefe Verbundenheit zur Rechtsauffassung, den Sitten und der Geschichte des Mittelalters darstellte. Bereits in seiner ersten Abhandlung aus jener Zeit unter dem Titel »Über die »Herrmannschaften der Langobarden« wurde diese Verbundenheit zum deutschen Staats-, Lehns- und Ritterrecht sowie zur deutsches Rechtsgeschichte und der Geschichte des Adels deutlich.

Es entstanden auch zwei voluminöse Schriften anderer Art. Zum einen die »Kleine juristische Bibliothek«, die zwischen 1785 und 1793 erschien, und die »Neue Literatur des teutschen Staatsrechts« aus dem Jahre 1791. Bei letzterem handelte es sich um eine Fortsetzung von Pütters Schriftumsverzeichnis. Er gründete auch eine »Uebungsschule für jederlei Richter- und Advocaturgeschäfte«.

Neben seiner akademischen Arbeit fand Klüber auch eine Anstellung als Assessor bei A. L. Schott. Auch sein Landesherr, Carl Alexander von Ansbach-Bayreuth entdeckte die Fähigkeiten des jungen Akademikers. Bereits 1786 berief ihn der Landesherr zum außerordentlichen Professor und im folgenden Jahr erfolgte seine Ernennung zum ordentlichen Professor.

Im Jahre 1790 diente er den Fürsten bei der Wahl Kaiser Leopold II. als persönlicher Referent. In dieser Funktion war er auch an der Ausarbeitung der Wahlkapitulation des Kaisers beteiligt.

Im Jahre 1790 begegnete er erstmals dem preußischen Staatsbeamten Carl August von Hardenberg, der als preußischer Minister für Ansbach seinen Dienstgeschäfte aufnahm. Beide Männer sollte eine lebenslange Freundschaft verbinden, die erst mit dem Tode Hardenbergs enden sollte.

Nachdem Carl Alexander von Ansbach-Bayreutham 02.12.1791 seine Rechte und Ansprüche an den preußischen König Friedrich Wilhelm II. abgetreten hatte, trat Klüber in den preußischen Staatsdienst über. Hardenberg betraute ihn in der Folgezeit mit verschiedenen Staatsgeschäften. Der Jurist lehnte jedoch zahlreiche Anfragen aus dem Ausland, sowohl für Staatsämter als auch Professuren kategorisch ab. Selbst den Eintritt in das Landesministerium für Ansbach-Bayreuth lehnte er wegen seiner Verbundenheit zur Lehrtätigkeit ab.

Im Jahre 1793 veröffentlichte er ein »Compendium des reichsritterschftlichen Staatsrechts«. Es folgte noch ein sehr umfassendes Handbuch zum selben Thema. Dieses dreibändige Werk blieb jedoch nur ein Manuskript. Obwohl er mit E. L. Posselteng befreundet war, beteiligte er sich nicht an dessen philologischen Analen. Hier folgte er dem Beispiel Friedrich Schillers, der ebenfalls nicht an diesem Werke teilnahm. Klüber hielt sich auch bei metaphysischen und naturrechtlichen Konservationen zurück.

Nach der Thronbesteigung Friedrich Wilhelm III. von Preußen wurde Hardenberg als Franken abberufen und als preußischer Staats- und Kabinettsminister nach Berlin berufen.

Sowohl der Rastatter Frieden von 1799 als auch das Friedenstraktat von Lunéville im Jahre 1801 mündete letztlich in den Reichsdeputationshauptschluss, der die inneren Verhältnisse des Heiligen Römischen Reiches deutscher Nationen grundlegend veränderte. So bildete der Rhein letztlich die westliche Grenze des Reiches und weltliche Fürsten wurden zu Lasten der kirchlichen Reichsteile bzw. kleinerer Territorien entschädigt. Staatsrechtler Klüber kommentierte diese Ereignisse aus einem neutralen Blickwinkel. So erschien noch vor dem Reichsdeputationshauptschluss seine Schrift »Einleitung zu einem neuen Lehrbegriffe des teutschen Staatsrechts« und in einen weiteren Aufsatz »Voracte des rheinischen Bundes« beschränkte er sich ausschließlich auf eine historische Betrachtung des § 31 der Rheinbundakte.

Im Herbst 1804 trat Klüber als Geheimer Referendar in die Dienste des Kurfürsten Karl Friedrich von Baden ein. Seine Aufgabe war es, den gerade 18 Jahre alten Kronprinzen Karl in Staatswissenschaften zu unterrichten. Im folgenden Jahr unternahm er mehrere diplomatische Aufgaben an den Höfen in Darmstadt, München und Biebrich.

Als Folge des Preßburger Friedensvertrages wurde aus dem Kurfürstentum Baden am 01.01.1806 das Großherzogtum Baden. Im April 1806 begleitete er den Erbgroßherzog Karl nach Paris, wo er im April 1806 Stephanie de Beauharnais, die Adoptivtochter Kaiser Napoléons, heiratete.

Während dieser Zeit trat er nur noch mit einigen wenigen anonymen Schriften in Erscheinung. So erschienen in den »Europäischen Analen« seine Aufsätze »Ueber das europäische Staats-Militairsystem«. Er sprach sich darüber hinaus auch gegen die Einführung von Papiergeld in den süddeutschen Staaten aus.

Im Jahre 1807 trat er eine Stelle als Erster Professor der Rechte in der durch Baden erneuerten und wieder aufblühenden Universität in Heidelberg an. Hier lehrte und unterrichtete er an der Seite von Thibaut, Heise, Zachariä, Martin und anderer Juristen. In Heidelberg schloss er auch Freundschaften mit dem Philologen Johann Heinrich Voß, dem Verleger Christian Friedrich Schwan oder den Historiker und Philologen Christian Gottlieb Arndt.

In jener Zeit vermehrte er seine Publikationen durch ein Kompendium des Rheinbund-Staatsrechts sowie um seinen »Lehrbegriff der Referirkunst«, die beide im Jahre 1808 erschien. Im folgenden Jahr veröffentlichte er ein reichhaltiges Lehrbuch zur Kryptographik und schließlich gründete er auf Basis Geschichte, Staatskunde und Nationalökonomie begründete Idealistik des deutschen Postwesens unter dem Titel »Das Postwesen in Teutschland, wie es war ist und seyn könnte«, dass im Jahre 1811 in Erlangen erschien. Mit der »Beschreibung von Baden bei Rastatt« legte er eine Topographie vor.

Seitdem er im Jahre 1808 die Sternwarte in Mannheim übernommen hatte, entwickelte Klüber schnell eine entsprechende wissenschaftliche Verbindung und stand alsbald mit den Koryphäen der Astrologie, wie beispielsweise Reichenbach, in engen freundschaftlichen Austausch.

Im Jahre 1814 wurde seine Lehrtätigkeit in Heidelberg jedoch unterbrochen. So bat ihn sein alter Freund aus Erlanger Tagen, Carl August von Hardenberg, und mehrere Fürsten des höheren und niederen Adels um die Teilnahme am Wiener Kongress. Großherzog Karl gewährte Klüber einen entsprechenden Urlaub und beauftragte ihn selbst mehrfach mit diplomatischen Geschäften.

So beauftragte ihn Zar Alexander mit einer historisch-politischen Abhandlung über die historisch-politischen Lage Deutschlands sowie seine Ideen für eine Neugestaltung des Staatssystems. Der Kaiser stützte sich immer wieder auf diese Abhandlung und so musste er immer wieder Fragen hierzu beantworten. Er wurde auch beauftragt, zusammen mit Preußen ein Manifest aufzustellen, dass jedoch durch eine eingetretene politische Wende nicht mehr erscheinen musste.

In diesen Tagen legte er auch den Grundstock für eine sehr umfassende Sammlung von Aktenstücken des Wiener Kongresses, die wohl nur noch von den Beständen des Wiener Hof übertroffen wurden, die er letztlich in seiner Rolle als Privatperson in Druck geben konnte. Die ersten drei Bände der »Acten des Wiener Congresses« erschienen schon zu Beginn des Jahres 1815. Die Arbeit an diesem Werke schloss er erst im Jahre 1835 ab.

Nach Ende des Wiener Kongresses kehrte er im Sommer 1815 zurück an die Universität zu Heidelberg. Dort begann er sofort mit der Arbeit an folgenden Werken:

1. 1. Eine kritische Ausgabe der »Schlussakte des Wiener Congresses und der Bundesacte«
2. 2. Eine historisch-kritische »Uebersicht der der diplomatischen Verhandlungen des Wiener Congresses überhaupt, und insonderheit über wichtige Angelegenheiten des teuschen Bundes«.
3. 3. Die erste Ausgabe eines Lehrbuches über das »Öffentliche Recht des Teutschen Bunde und der Bundesstaaten«

Im Jahre 1816 wurde Kübler erneut für eine diplomatische Mission an den Berliner und Petersburger Hof entsandt. In Petersburg unterbreitete ihm Zar Alexander ihm erneut ein Angebot als Jurisconsulte de l’Empereur, außerhalb aller Staatsbehörden und als Stifter einer Schule für angehende russische Diplomaten zu gewinnen. Doch gleichzeitig hatte ihm auch der preußische Staatskanzler Fürst Hardenberg zur dringenden Rückkehr in die alte preußische Heimat aufgefordert. Er folgte nun dem Rufe Preußens. Auch sein bisheriger Souverän, Großherzog Karl Friedrich von Baden wollte auf den verdienten Staatsdiener nicht verzichten und bot ihm das Amt des Finanzministers an. Schließlich ließ der Großherzog ihn, mit Merkmalen des fortdauernden Wohlwollens seine Dimission zuteil.

Im Jahre 1817 konnte Klüber nun als Gehiemer Legationsrat in die Doppelstelle eines Beisitzers im Departement des Staatskanzlers und im Ministerium dder auswärtigen Angelegenheiten seinen Dienst aufnehmen.

In den folgenden Jahren beschäftigte er sich mit der Neuordnung des Verhältnisses der Standesherren in Westphalen und dem Rheinprovinzen mit den preußischen Regierungen in den Provinzen.

Im Jahre 1818 begleitete er den Staatskanzler Hardenberg zum Aachener Kongress. Hier erwarb er sich große Anerkennung für seinen Einsatz für die Anerkennung der badischen Integrität. Auch der russische Staatssekretär und spätere erste Präsident Griechenlands, Ioannis Kapoistrias entwickelte eine freundschaftliche Beziehung zu dem Juristen.

Im Jahre 1822 erhielt er den Auftrag als königlicher Bevollmächtigter nach Frankfurt zu reisen um die Auseinandersetzung des aufgelösten Großherzogtums Frankfurt zu regeln. Kurz nach dem Tode Hardensbergs erschien im Herbst 1822 die zweite Auflage, die in Grundsätzen unverändert geblieben war, des »Oeffentlichen Rechts« , was in Berlin zum Anlass genommen wurde, dieses einer langwierigen Prüfung zu unterziehen. Der preußische Außenminister Graf Bernsdorff leitete einen Beschluss gegen die Person Klüber ein, der das Ziel hatte ihn aus dem preußischen Dienst zu entfernen. Dies veranlasste Klüber um sofortige Entlassung aus dem Staatsdienste zu bitten, der jedoch erst nach wiederholter Bitte im April 1824 gewährt wurde.

Nun ließ sich Johann Ludwig Klüber, ohne jegliches Staatsamt, in Frankfurt am Main, wo auch der Bundestag ansässig war, nieder. Dort schloss er schnell mit Diplomaten und den Großhändlern freundschaftlichen Umgang.

Bis ins hohe Alter verfasste er Rechtsgutachten und literarischen Arbeiten beschäftigt.

Klüber war Mitglied zahlreicher wissenschaftlichen Gesellschaften in Deutschland und gehörte seit 1834 auch der Académiedes sciences morales et politiques einstimmig zu ihrem Mitglied in der Abteilung für Gesetzgebung und Rechtswissenschaft. Er reiste, bereits im Alter von 73 Jahren zur Danksagung nach Paris und nahm an einigen Akademiesitzungen teil.

Am 13.04.1835 beging er sein 50jähriges Doktorjubiläum. Die Erlanger Universität erneuerte nach alter Sitte das Doktordiplom und übersandte es mit folgenden Worten:

»Juris publici inter nostrales facile principi; Almae nostrae decori quondam et ornamento; Viro summis laudibus venerando«

Im Herbst 1789 fand er mit der jungen Ostinderin Josephine Christiane Zeizer, die Tochter des Kaufmanns Johann Matthias Zeizer und einer Portugiesin, seine Lebenspartnerin. Sie stammte aus Tutoecoryn, einer perlenreichen holländischen Kolonie in Indien. Aus dieser Ehe stammten fünf Kinder, von denen nur der Sohn Friedrich Adolf Klüber die Mutter überlebte. Am 19.12.1796 starb seine Ehefrau im Alter von gerade einmal 23 Jahren.

Johann Ludwig Klüber starb am 16.02.1837 in Frankfurt am Main im 75. Lebensjahr stehend. Seine letzte Ruhestätte fand er auf dem Frankfurter Hauptfriedhof.