Josef Sigmund Nachbauer wurde in Rankweil/Vorarlberg geboren. Seine Eltern stammten beide aus Fraxern in Vorarlberg. Die Eltern, die das ehemalige Pfarrhaus von St. Peter in Brederis erwarben, siedelten mit der Familie nach Bederis über. Seit seinem 17. Lebensjahr war Nachbauer als Lehrer in seinem Heimatort tätig. Nachdem das Mädcheninstitut der Dominikanerinnen in eine Normalschule umgewandelt wurde, unterrichtete er in Altenstadt.

Als in den Jahren der Französischen Revolution die Tiroler und Vorarlberger gegen Frankreich aufgeboten wurden griffen auch die Vorarlberger Schützen zu den Waffen.

Schon im Jahre 1796 schloss er sich der Rankweiler Kompanie als Oberleutnant an. Im Jahre 1799 nahm er an den Kämpfen um Feldkirch teil. Am 22.03.1799 fiel er mit einer Abteilung von 55 Mann dem Feinde auf dem Schallenberg in den Rücken. Am folgenden Tage verteidigte er gegen immer stärker werdende gegnerische Anstürme den Margarethenkapf in der Nähe von Feldkirch. Die Männer um Nachbauer schlugen den Gegner mit entschlossenen Mute und vielen Verlusten zurück.

In den Gefechten des folgenden Jahres kämpfte er, inzwischen zum Hauptmann gewählt, erneut in Rankweil-Feldkirch gegen französische Truppen. Er wurde vom Feinde umzingelt und ihm drohte mit seiner Truppe aufgerieben zu werden. Doch konnte er seine Mannen vorführen und so für einen glücklichen Ausgang des Gefechtes beitrugen. Ihm wurde für diesen Einsatz die Goldende Verdienstmedaille Österreichs verliehen.

Im Jahre 1809 erhob sich Vorarlberg, ebenso wie das benachbarte Tirol gegen die seit 1805 herrschende bayerische Herrschaft. Nachbauer organisierte den Aufstand gegen die Bayern in Vorarlberg. Als Oberbefehlshaber des Rankweiler Schützenbataillons wurde Nachbauer zum Major erwählt und übernahm an der Spitze von weiteren sieben Schützenmajoren das Kommando über die gesamte Vorarlberger Landesverteidigung.

Nachdem die französische Armee den Aufstand niedergeschlagen hatte, entfloh der Major in die Schweiz. Das auf Nachbauer ausgesetzte Kopfgeld in Höhe von 1.000 Gulden führte zum Erfolg. Er wurde in der Schweiz gefangen genommen. Am 10.11.1809 kehrte er in die Heimat zurück und wurde sofort, trotz der ausgesprochenen Amnestie, von den Franzosen verhaftet. Wenige Wochen später, am 23.12.1809, wurde er wieder in Freiheit entlassen und ihm wurde zur Auflage gemacht, dass er keine öffentlichen Ämter mehr bekleiden durfte. Als Lehrer hatte er noch andere Ämter in der Gemeinde übernommen.

Als im Jahre 1813 in Europa unruhige Zeiten anbrachen,. wurde Nachbauer im April des gleichen Jahres vorsorglich verhaftet. Die bayerische Regierung wollte so einen der gefürchteten Kämpfer des Jahres 1809 unschädlich machen. Er wurde zunächst in München und später in Ingolstadt inhaftiert.

Kurz vor seiner Freilassung verstarb der Führer des Vorarlberger Aufstandes von 1809 an den Folgen eines Lungenleidens am 25.10.1813.

Nachbauer erhielt vom Kaiser Franz I. die Goldene Verdienstmedaille.

Josef Sigmund Nachbauer war mit Elisabeth Köchle aus Altenstadt/Tirol verheiratet. Gemeinsam hatte das Paar drei Kinder.