Er war der Sohn des hugenottischen Priesters Paul Rabaut, der in jener Zeit Priester in der Gemeinde Nîmes war. Schon früh lernte er die Repressalien des französischen Staates gegen die Hugenotten und insbesondere gegen die Pastorenfamilien kennen. Um seinen Sohn in Sicherheit zu bringen wurde der Knabe auf ein Internat nach Lausanne geschickt um dort Theologie zu studieren.

Der junge Jean-Paul Rabaut wurde am 11.11.1764 zum evangelischen Pastor geweiht und ging sofort nach Nîmes, wo er seinen Vater Pastor Paul Rabaut in der seelsorgerischen Arbeit unterstützte.

Im Jahre 1779 veröffentlichte er die Biographie des über Hundertjährigen Hugenotten Ambroise Borély (1671-1774), in der er die Verfolgung der Protestanten in Frankreich darstellte. Der Band wurde in London unter dem Titel »Triumph der Intoleranz« Später erschien es auch in Frankreich. Er veröffentlichte mehrere Gedichte und Romane.

Schließlich war die Ausübung des hugenottischen Glaubensbekenntnisses in Frankreich seit dem Edikt von Fontainbleau im Jahre 1685 faktisch verboten. Im Zuge der Aufklärung entwickelte sich auch der Gedanke der Religionstoleranz gegenüber Minderheiten.

So setzten sich Anne Robert Jacques Turgot, Baron de l’Auline, Guy-Jean-Baptiste Target, Paul Rabaut – sein Vater – aber auch Chrétien-Guillaume de Lamoignon de Malesherbesabes eben auch Jean-Paul Rabaut Saint-Étienne, der Sprecher der in Frankreich lebenden Hugenotten, die rechtliche Stellung der Protestanten zu verbessern.

Er begab sich nach Paris um mit dem Marquis La Fayette in Kontakt zu treten und ihn für seine Sache zu gewinnen. Dank der Unterstützung La Fayettes traf er mit Minister Malesherbesabes zusammen, der sich für die protestantische Sache engagierte. Auch weitere Persönlichkeiten unterstützten die Gleichstellung der Hugenotten und schrieben Memoranden an Louis XVI.. Im Jahre 1786 schrieb Rabaut Saint-Étienne selbst auch an den den König um ihn  zur Annahme des liberalsten Memorandums zu drängen.

Die ursprüngliche Forderung einer vollständigen Gleichstellung des protestantischen Glaubens, wie sein Vater Paul Rabaut sie ursprünglich forderte, wurde jedoch vom König Louis XVI abgelehnt. Er konnte solchen Forderungen, die unter anderem auch bedeutet hätte, dass protestantische Gottesdienste wieder in Kirchen abgehalten werden durften oder auch Protestanten vollen Zugang zu jeglichem staatlichen Amt erhielten, nicht akzeptieren.

Die wesentliche Veränderung für die Prorestanten war, dass man ab nun Sterbefälle und Ehen durch Eintragung legalisieren lassen konnte, auch wenn dieses noch bei einem katholischen Pfarrer oder königlichen Beamten geschehen musste. Die Anlage von protestantischen Friedhöfen hingegen war nun möglich. Verbunden mit dieser ausschließlich zivilrechtlichen Anerkennung waren auch Eigentums- und Erbrechte. Somit waren Nachkommen von Hugenotten zukünftig legitim und rechtsfähig.

Am 07.11.1787 unterzeichnete der König das »Edikt für Nichtkatholiken«. Ratifiziert wurde es am 29.01.1788 durch das Parlament.. Jean-Paul Rabaut Saint-Étienne bedauerte, dass durch das Versailler Toleranzedikt keine vollkommene Gleichstellung der Protestanten erreicht wurde, sah diese jedoch als ersten Schritt auf einem langen Weg. »Anerkennung schließt Hoffnung nicht aus, sie autorisiert sie« so sein Kommentar zum bisher Erreichten.

Er verfasste in der Folgezeit eine »Einfache Geschichte Griechenlands« verfasste ließ er sich am 27.03.1789 als Abgeordneter des Dritten Standes von Nîmes in die Generalstände wählen. Zuvor verfasste er eine Antwort auf die Schrift »Was ist der Dritte Stand« von Abbe Sieyes unter dem Titel »Überlegungen der Interessen des Dritten Standes«.

Volle religiöse Freiheit und Gleichbehandlung wurde erst mit der »Erklärung der Allgemeinen Menschen- und Bürgerrechte« vom 26.08.1789 verwirklicht. In den Debatten zur »Erklärung der Menschen- und Bürgerrechte« sagte er am 23.08.1789 von der Tribüne der Nationalversammlung aus folgende Worte:

»Meine Herren, die Protestanten tun also alles für das Land, und das Land behandelt sie mit Undankbarkeit: Sie dienen ihm als Bürger; Sie werden als Ausgestoßene behandelt. Sie dienen als Männer, die Sie befreit haben. Sie werden wie Sklaven behandelt. Aber es gibt endlich eine französische Nation, und ich fordere zwei Millionen nützliche Bürger für sie auf, die heute ihr Recht auf Französisch geltend machen: Ich tue ihm nicht das Unrecht, das zu glauben sie kann das Wort Intoleranz aussprechen; es wird aus unserer Sprache verbannt, oder es wird nur als eines der barbarischen und veralteten Wörter dort bleiben, die wir nicht mehr verwenden, weil die Idee, die es darstellt, vernichtet wird. Aber meine Herren, ich behaupte nicht einmal die Toleranz; Es ist Freiheit. Toleranz! Die Unterstützung! Vergebung! Gnade!

Toleranz! Ich fordere, dass er seinerseits geächtet wird, und es wird dieses ungerechte Wort sein, das uns nur als erbärmliche Bürger darstellt, als Schuldige, denen wir vergeben, zu denen jene, zu denen Zufall und Bildung oft geführt haben anders denken als wir. Irrtum, meine Herren, ist kein Verbrechen; wer sie bekennt, hält es für die Wahrheit; sie ist die Wahrheit für ihn; er ist verpflichtet, es zu bekennen, und kein Mensch, keine Gesellschaft hat das Recht, es ihm zu verteidigen.

[…]

Ich bitte daher, meine Herren, die französischen Protestanten und alle Nichtkatholiken des Königreichs um das, was Sie fordern: Freiheit, Gleichheit der Rechte. Ich bitte um dieses Volk, das aus Asien vertrieben wird, immer umherwandert, immer verbannt und seit fast achtzehn Jahrhunderten verfolgt wird und das unsere Sitten und Gebräuche übernimmt, wenn es nach unseren Gesetzen mit uns verbunden ist und zu denen es gehört Wir dürfen seiner Moral keinen Vorwurf machen, denn sie ist die Frucht unserer Barbarei und der Demütigung, zu der wir sie zu Unrecht verurteilt haben.«

Durch die »Erklärung der Menschenrechte und Bürgerrechte« wurde den Protestanten die Glaubensfreiheit gewährt und durch den Verfassungstext vom 24.12.1789 wurde ihnen auch Religionsfreiheit bis zum 03.09.1791 gewährt.

Später gehörte er auch der verfassungsgebenden Versammlung an. Rabaut Saint Étienne wirkte an der Verfassung von 1791 mit. Er sprach sich jedoch gegen die Republik aus und setzte sich für das aufschiebende Veto des Königs ein. So sollte aus seiner Sicht die Stellung des Königs gestärkt werden.

Vom 15.03. bis 27.03.1790 war er als Nachfolger von François Xavier de Montesquiou-Fézensac Präsident der Nationalversammlung. In der Zeit vom 24.01.1793 bis zum 07.02.1793 stand er als Präsident dem Französischen Nationalkonvent vor, wo er auf Pierre Vergniaud folgte.

Im Nationalkonvent gehörte er zu den Abgeordneten der Gironde. Nach der Flucht Louis XVI. nach Varennes und der anschließenden Gefangennahme hoffte Rabaut Saint-Étienne darauf, dass dieser nun doch die Revolution unterstützte. Schließlich wurden seine Hoffnungen nicht bestätigt und er stimmte am 21.09.1792 für die Abschaffung der Monarchie. Er sprach sich zunächst gegen die Hinrichtung Louis XVI. aus und votierte für die Haft und anschließende Verbannung. Später stimmte er für die Aussetzung der Todesstrafe.

In der Republik veränderte sich sein Denken und er setzte sich für ein soziales Gleichgewicht ein wobei er auf eine soziale Verteilung der Reichtümer setzte.

Rabaut Saint-Étienne gehörte jedoch später dem Zwölferausschuss an und wurde nach dem Aufstand vom 31.05.1793 mit den Girondisten am 02.06.1793 zunächst unter Hausarrest gestellt. Doch er konnte zunächst fliehen und wurde am 04.12.1793 in einem Haus von Freunden verhaftet.

Am folgenden Tag, den 05.12.1793, wurde Jean-Paul Rabaut Saint-Étienne dem Henker übergeben und starb unter der Guillotine.