Geboren wurde Ferdinand Ernst von Waldstein am 24.03.1762 in Wien. Er entstammte einer alten böhmischen Adelsfamilie. Im Jahre 1787 trat er im Alter von 15 Jahren in den deutschen Orden als Novize in das Kloster Ellingen ein.

Zu Anfang des Jahres 1788 ging Graf von Waldstein nach Bonn, wo er am 17.06. des gleichen Jahres durch den Kurfürsten Maximilian Franz, der Hochmeister des Deutschen Ordens war, zum Ritter geschlagen wurde. Im folgenden Jahr wurde er »Geheimer Rat« und Mitglied der Staatskonferenz des Ordens in Bonn. Im Jahre 1791 erwarb er in Godesberg bei Bonn einen Rittersitz und wurde Mitglied der kurkölnischen Landstandschaft. Zwischen 1788 und 1792 übernahm der Graf auch verschiedene diplomatische Aufgaben für den Orden und das Kurfürstentum Köln. Im Jahre 1792 erhielt er die Kontur des Ordens in Virnsberg in der Deutschordensballei Franken.

Während seiner Bonner Zeit nahm Ferdinand Ernst von Waldstein aktiv am kulturellen Leben der Residenzstadt Bonn teil. So gehörte er ab 1788 der Bonner Lesegesellschaft an und war im Jahre 1794 ihr Direktor. Er war auch mit dem ehemaligen Priester und Professor Eulogius Schneider, der später zu den führenden rheinischen Jakobinern gehörte, bekannt. Waldstein war auch musikalisch gebildet und spielte selbst Klavier und erstellte eigene Kompositionen.

Er war auch mit der Familie Breuning befreundet. Über diese Freundschaft knüpfte er mit Ludwig van Beethoven spätestens im Jahre 1791 Freundschaft. Im Jahre 1791 hatte Waldstein Beethoven beauftragt ein Ritterspiel zu komponieren. Diese Partitur wurde 1791/92 unter dem Titel »Variations à quatre mains pour le Pianoforte sur une Thème de Monsieur le Comte de Waldstein par Louis van Beethoven« fertiggestellt und im Jahre 1794 veröffentlicht. Im Jahre 1792 vermittelte der Graf beim Kurfürsten Maximilian Franz ein zweites Stipendium für den talentierten Beethoven nach Wien. Graf Waldstein war der erste und vermutlich auch wichtigste Mäzen des jungen Komponisten. In das Stammbuch des jungen Beethoven schrieb der Graf am 29.10.1792 folgende Zeilen:

Lieber Beethowen!

Sie reisen itzt nach Wien zur Erfüllung ihrer so lange bestrittenen Wünsche. Mozart's Genius trauert noch und beweinet den Tod seines Zöglinges. Bey dem unerschöpflichem Hayden fand er Zuflucht, aber keine Beschäfigung; durch ihn wünscht er noch einmal mit jemanden vereinigt zu werden. Durch ununterbrochenen Fleiß erhalten Sie: Mozart's Geist aus Haydens Händen.

Bonn d 29t. Oct. 792. Ihr warer Freund Waldstein OT

Im Jahre 1804 widmete der Komponist seinem ersten Mäzen die Klaviersonate Nr. 21 C-Dur op. 53, die als »Waldsteinsonate« in die Musikgeschichte einging. Während Waldheims Wiener Jahre nach 1809 schienen beide Männer keinen engeren Kontakt mehr gepflegt zu haben.

Im Jahre 1794 gehörte er zum Gefolge des Kurfürsten Maximilian Franz, als dieser vor den anrückenden französischen Revolutionstruppen nach Wien floh. Im März 1794 versuchte Waldstein den Kurfürsten mit einer politischen Denkschrift zu beeinflussen, da dieser ihm vorwarf »bei Verhandlungen mit kaiserlichen Generalen seine Vollmachten überschritten« zu haben.

Am 03.06.1795 schloss Graf Waldstein mit England einen Vertrag über die Aufstellung eines »Regiments Mergentheim«. Seit dem Jahre 1796 hielt er sich in London auf. Der Kurfürst schrieb am 23.06.1797 über ihn:

Ferdinand Waldstein läßt schon über 1 Jahr von sich weder den Orden noch seine Kreditoren etwas hören, ich wünsche ihm viel Geld und Klugheit«.

Vermutlich war er während dieser Zeit mit seinem Regiment in Westindien im Einsatz. Im Jahre 1807 quittierte er seinen Dienst in England.

Seit dem Jahre 1809 lebte Ferdinand Ernst von Waldstein entweder in der österreichischen Hauptstadt oder auf seinem böhmischen Gütern. Im Jahre 1811 verließ er den Deutschen Orden um am 09.05.1812 die Ehe mit Isabella Rzewuska. Nach einigen verunglückten finanziellen Missgeschicken starb Graf Waldstein am 26.05.1823 in Wien.