Johann Gottfried Eichhorn war der Sohn des Pfarrers Johann Georg Nikolaus Eichhorn und der Anna Maria Schiller, Tochter eines Hofpredigers,

Seine erste schulische Ausbildung erhielt Eichhorn auf der Stadtschule zu Weikersheim, da der Vater dort als Superintendent gewählt wurde. Seine weitere Ausbildung erhielt er am Gymnasium in Heilbronn ehe er zwischen 1770 und 1774 an die Universität zu Göttingen, wo er Philologie, Orientalistik und Theologie studierte, ging. Er war Schüler von Michaelis, Walch, Miller, Heyne und Schlözer.

Nachdem er sein Studium in Göttingen erfolgreich beendet hatte, fand er eine Anstellung als Schulrektor in Ohrdruff, das im Herzogtum Gotha gelegen war, und schon 1775 nahm er einen Ruf als Professor der orientalischen Sprachen nach Jena an. Bereits zu Beginn seiner Jenaer Zeit verfasste eine Vielzahl von gelehrten Schriften, deren Gegenstand orientalische Sprachen und Literatur sowie Geschichte und Altertümer des Orients waren, die teils selbstständig oder in den zeitgenössischen Magazinen erschienen. Die wohl bedeutendsten Schriften jener frühen Epoche dürften die »Monumenta antiquissima historiae Arabum post Albertum Schultensium« (1775) und »Poeseos Asiaticae commentriorum libri VI.« aus dem Jahre 1777.

Auch Johann Wolfgang von Goethe bekannte später, dass er bei Eichhorn und Herder seine wesentlichen Kenntnisse des Alten Testaments erhalten habe.

Zwischen 1777 und 1785 erschien in 16 Bänden »Repertorium für biblische und morgenländische Litteratur« in Leipzig. Diese Sammlung war sehr vielseitig. So enthielt sie Beiträge aus allen Bereichen der orientalischen Philologie, Bibelkunde und den Realfächern des Orientalismus. Dies regte vielfach anregend, da es sich nicht nur an Fachgelehrte sondern auch nichtwissenschaftliche Leserkreise erschließen wollte. Eichhorn selbst steuerte unter anderem »Bemerkungen über den Text des Propheten Jeremias« ein. In dieser Arbeit erarbeitete er das Verhältnis des masorethischen und alexandrinischen Textes aus. Weitere Arbeiten handelten von den Quellen, aus denen die verschiedenen Erzählungen von der Entstehung der alexandrinischen Übersetzung geflossen sind. Hierbei analysierte und stellte die er die Berichte von Aristeas, Josephus, Philo, Jutinius Matryr und Epiphanius nebeneinander und kam zu der Erkenntnis, dass insgesamt eine doppelte Quelle vorliege. Zum einen eine palästinische aus der Feder Aristeas und alexandrinische von Philo aufgezeichnet.

Im Jahre 1788 wurde Eichhorn als Professor der Philosophie an die Universität Göttingen berufen. Mit der Herausgabe der »Allgemeinen Bibliothek der biblischen Litteratur«, die in den Jahren 1787 – 1803 in zehn Bänden erschien, setzte er sein periodisches Arbeiten erfolgreich fort. Obwohl die Zeitschrift zunächst nur für biblische Studien bestimmt war erschienen doch bald auch weitere Aufsätze zu allen übrigen Themen der morgenländischen Wissenschaften. In seiner Göttinger Zeit übernahm er auch Vorlesungen in alter und neuerer Geschichte. Sowie Literaturgeschichte.

Zu seinen späteren Studenten gehörten der Orientalist Friedrich Wilken, der Historiker Issak Markus Jost, der Tibetologe Sándor Csoma, der Theologe Samuel Christian Pape.

Seit dem Jahre 1808 gehörte der Akademiker als auswärtiges Mitglied der Bayerischen Akademie der Wissenschaften. Im Jahre 1810 wurde Eichhorn zum ordentlichen Mitglied der Königlichen Societät der Wissenschaften, aus der die heutige Akademie der Wissenschaften in Göttingen entstanden ist, gewählt. In den Jahren 1812 bis 1814 war er zusammen mit Johann Friedrich Blumenbach deren Sekretär.

Im Jahre 1819 wurde er zum Geheimen Justizrat berufen und seit dem Jahre 1825 war Johann Gottfried Eichhorn auch Mitglied der American Academy of Arts and Sciences.

Die Hauptleistung dürften wohl die zwischen 1780 und 1783 in Leipzig erschienene »Einführung in das Alte Testament« gewesen sein. Er war somit der erste, der die Bibel rein literaturhistorisch und auf Basis fundierter Kenntnisse des Altertums und des Morgenlandes begründete.

Grundlage für seine Theorie der »Urkundenhypothese« waren die Arbeiten von Jean Astruc, Michaelis und Semlers, die er selbstständig weiterentwickelte. So sah er zwei Urquellen und mehrere Nebenquellen in der Genesis, die durch einen Redaktor – zunächst nahm er an, dass es sich hierbei um Moses handelte – zusammengefügt wurden. Im Exodus bis Deuteronomium sah er die Gesetzgebung und einen Reiseberichts des Mose. Um diese besser verstehen zu könen prüfte er die hinter der Botschaft stehenden Zeitumstände und sah Besonderheiten.

Ihm kamen hierzu auch die bei Heyne erlernten Grundsätze philologischer und historischer Kritik zu Gute, die er letztlich auch auf das Alte Testament übertrug. Heute haben seine Theorien jedoch meistens nur noch historischen Wert.

Eichhorn widmete sich als vielseitiger Universitätsprofessor auch weiteren Themen. So veröffentlichte er im Jahre 1797 eine zweibändige » Geschichte der Französischen Revolution«. Es folgten noch folgende historischen Schriften: »Geschichte der letzten drei Jahrhunderte«, »Urgeschichte des erlauchten Hauses der Welfen«. Im literaturwissenschaftlichen Bereich veröffentlichte er eine »Allgemeine Geschichte der Cultur und Literatur des neueren Europa«. Der erste Band erschien im Jahre 1799 und der zweite erst 15 Jahre später. Insgesamt war er ein sehr produktiver Autor seiner Zeit, sodass er insgesamt ein zu seiner Zeit bedeutender und bekannter Wissenschaftler war.

Aus seiner Ehe mit Susanna von Müller, die er im Jahre 1775 geschlossen hatte, stammten 2 Töchter und 2 Söhne. Der Staatsrechtler Karl Friedrich Eichhorn war sein Sohn.

Im Jahre 1825 verschlechterte sich die Gesundheit des bis dahin sehr produktiven Professors durch eine Lungenentzündung erheblich. So musste er sowohl das Jubiläum sein 50jähriges Doktorjubiläum sowie sein 50jähriges Dienstjubiläum, das am 26.02.1826 gefeiert wurde, im Kreise seiner Familie verbringen. Von Krankheit gezeichnet hielt er jedoch noch bis zum 14.06.1827 seine Vorlesungen.

Am 25.06.1827 starb Professor Johann Gottfried Eichhorn in Göttingen. Seine letzte Ruhestätte fand er auf dem Albaniefriedhof in Göttingen.