Die Geschichte des Gebietes des Reichsfürstentums Heitersheim geht bis ins 13. Jahrhundert zurück. Zu jenem Zeitpunkt hatten die Herren von Staufen vom Markgrafen von Baden-Hachberg das Vogtei und die Gerichtsbarkeit erhalten während das Kloster Murbach den Frohnhof mit Kirchensatz erworben.

Im Jahre 1272 begann die nun de fast 530jährige Verbindung des Ortes mit den Johannitern. Zunächst erwarb der Ritterorden vom Murbacher Abt den Frohnhof mit den Kirchenschatz und vier Jahre später erwarb man auch die Herrschafts- und Gerichtsrechte vom Markgrafen. In den folgenden Jahren wurde der Grundbesitz sukzessive ausgebaut. Nun begann man damit weitere 9 Höfe und zahlreiche Feldgüter in den Besitz des Ordens zu überführen, wozu auch die zwischen Ober- und Niederheitersheim befindliche Mühle gehörte. Um das Jahr 1305 wurde auf dem Grund des ehemaligen Salhofs bei der Kirche die Johanniterburg erbaut.

Im Jahre 1297 schenkte der Markgraf von Baden-Hachberg Heinrich III. und Rudolf II. das Dorf Gündlingen. Im folgenden Jahr verzichteten die Herren von Staufen auf die Vogtei und Gerichtsbarkeit in Weinstetten.

Im Jahre 1313 wurde das bisherige Gebiet noch um das Dorf Bremgarten erweitert, das man ebenfalls von den Herren von Staufen erwarb. Das 1315 von der Komtur Freiburg erworbene Dorf Grißheim wurde nach und nach in den Besitz der späteren Kommenade Heitersheim überführt.

Ab dem Jahre 1335 haben sich erstmals Johanniterritter direkt in Heitersheim angesiedelt. Zunächst stand die Komturei in Freiburg sowohl personell als auch von der Bedeutung her im Schatten der in Freiburg ansässigen Komtur. Im Jahre 1371 vergrößerte der Johanniterorden mit den Kauf des Dorfes Schlatt sein Gebiet nochmals.

Erst mi Jahre 1419 erhielt die Kommende Heitersheim mit Nicolaus von Weißlin, der zugleich auch das Freiburger Haus leitete, ihren ersten Komtur. Da jedoch der Besitz der Heitersheimer Kommende bedeutender und größer war, sollte Freiburg nach und nach an Bedeutung verlieren.

Im Jahre 1428 hatte das Generalkapitel der Malteser auf Rhodos entschieden, dass die Herrschaft Heitersheim zum Sitz der »Deutschen Zunge« und damit der administrative Mittelpunkt der Malteserniederlassungen werden sollte. So sollte auch der Großprior des Heiligen Römischen Reiches seinen Sitz in Heitersheim nehmen. Doch erst mit Rudolf von Werdenberg (1486-1505) residierte erstmals ein Großprior in der Kommende. Sein Nachfolger Johann V. Heggenzer von Wasserstelz (1505-1512) verlegte den Sitz des Großpriors offiziell nach Heitersheim.

Großbailli und Großprior Georg I. Schilling von Camstatt (1490-1554) wurde im Jahre 1548 durch den Kaiser zum Reichsfürsten erhoben. Damit ehrte man die Verdienste des Großoriors als Admiral von und Gouverneur von Tripolis. Man verband den eigentlich persönlich verliehenen Adel direkt mit der Herrschaft, sodass Heitersheim zukünftig als unmittelbares Reichsfürstentum betrachtet wurde. Sein Nachfolger Georg II. Bombast von Hohenheim (1500-1566) übernahm sowohl den Titel des Reichsfürsten und Großpriors und leitete damit die Personalunion beider Ämter ein, die erst im Jahre 1807 durch den Tod des letzten Fürsten und Großpriors Ignatz Balthasar Rinck von Baldenstein.

Das Gebiet der Herrschaft Heitersheim vergrößerte sich nochmals im 17. Jahrhundert. Zum einen als Großprior Johann Friedrich Hund von Saulheim (1560-1635) im Jahre 1613 von den Herren von Rappoltstein das Dorf Eschbach im Markgräflerland erworb. Gleichzeitig begann Hund von Saulheim mit der vorderösterreichischen Landesregierung einen Prozess, da er als Reichsfürst deren Landeshoheit nicht mehr anerkennen wollte. Nach 18 Jahren wurde dieser Konflikt zunächst beigelegt. Heitersheim war somit weiterhin als Landständische Körperschaft im Breisgau vertreten. Hintergrund des Streites dürften die Stimmverhältnisse im Reichstag gewesen sein, da die Großprioren des Malteserordens als Herren von Heitersheim eine Virilstimme auf der geistlichen Bank des Reichsfürstenrates im Reichstag innehatten. Zugleich hatte jedoch der Großprior von Heitersheim eine Virilstimme auf der Bank der geistlichen Fürsten im Kreistag des Oberrheinischen Reichskreises. Erst im Jahre 1778 endete dieser juristische Streit endgültig zu Gunsten der oberösterreichischen Regierung.

Nachdem im Jahre 1686/87 König Louis XIV. seinen Baumeister Vauban mit dem Ausbau der Festungsanlagen in Freiburg beauftragte, musste auch das die dortige Johanniterkommende aufgegeben werden. Die Besitzungen wurden nun durch die Kommende in Heitersheim übernommen. So gehörten nun noch die Dörfer St. Georgen (Freiburg im Breisgau), Uffhausen und Wendlingen, sowie Gündlingen zum Fürstentum Heitersheim. Bis zum Reichsdeputationshauptschluß im Jahre 1803 blieb das Territorium des Kommende unverändert.

Im Jahre 1803 wurden im ganzen Heiligen Römischen Reich die geistlichen Territorien zu Gunsten der weltlichen Herrscher, die für ihre Gebietsverluste auf der linken Rheinseite entschädigt werden mussten, aufgelöst. § 26 des Reichsdeputationhauptschlusses sah jedoch vor, dass sowohl der Malteser- als auch der Johanniterorden von dieser Regelung ausgenommen wurden. Vielmehr wurden diese Territorien sogar vergrößert. So erhielt das Fürstentum Heitersheim die rechtsrheinischen Besitzungen des Baseler Bischofs zugeschlagen sowie die gesamten Besitzungen des Klosters St. Blasien im Südschwarzwald. Auf Grund des Widerstandes des Klosters blieb jedoch die praktische Umsetzung des Reichsdeputationshauptschlusses hier aus.

Kaiser Napoléon beauftragte General Jean-Nicolas Monard mit der Beilegung des Grenzkonfliktes zwischen Baden und Württemberg beizulegen. So erließ er am 28.01.1806 ein Edikt wonach das gesamte Breisgau an den Kurfürsten von Baden ging. Dieser zog schließlich die Lehen sämtlicher Herrschaften ein und hob diese zugleich auf.

Der Reichsfürst und Großprior Rinck von Baldenstein zweifelte zunächst an der Rechtmäßigkeit dieses Edikts. Zum einen weil die Rechtsstellung von Heitersheim seit Jahrhunderten unklar sei und man sich nicht mehr als Teil des Breisgaus verstehe.

Hierbei stützte man sich auch auf § 1 des Reichsdeputationshauptschlusses von 1803 wo unter anderem die Abtretung des Breisgaus an den Herzog von Modena geregelt sei. Hier fand Heitersheim weder als Lehen noch als Besitz entsprechende Berücksichtigung. Auch hatte Monard in seinem Edikt ausschließlich das Breisgau zur Übergabe erwähnt, wozu sich wie schon angeführt, sich Heitersheim nicht zählte.

Als neuer Lehensherr nahm sich der badische Kurfürst das Recht heraus, die Lehen einzuziehen und gleichzeitig aufzuheben.

De facto übernahm der Kurfürst von Baden am 22.07.1806 die Regierungsgeschäfte in Heitersheim, da auch die Bürger bis dahin gegen die Maßnahmen protestierten. Erst mit der Kommunalordnung von 1832/33 beseitigte der die badische Regierung die bisherigen Strukturen der Herrschaft Heitersheim. Ob letztlich die Einverleibung entsprechend der Reichsgesetze erfolgte ist durch die Auflösung des Heiligen Römischen Reiches letztlich hinfällig geworden. Hierbei bleibt jedoch als kleine Anekdote anzumerken, dass sowohl der badische Kurfürst als auch der letzte Großprior des Johanniterordens den Titel eines Fürsten von Heitersheim führten.

Der Malteserorden versuchte zwar noch im Zuge des Wiener Kongresses die verlorenen Gebiete zurückzugewinnen. Somit wurde letztlich spätestens durch den Wiener Kongress der badische Zugriff auf Heitersheim legitimiert und bestätigt.