Johann Gottfried Ebel wurde am 06.10.1764 im schlesischen Züllichau, dass seit Beginn des 18. Jahrhunderts zu Preußen gehörte geboren. Er war der Sohn eines angesehenen Kaufmanns.

Er besuchte zunächst das Gymnasium seiner Heimatstadt und wechselte später nach Neuruppin. Im Jahre 1784 schrieb er sich weitere Studien an der Universität in Frankfurt an der der Oder ein. Seiner Neigung nach studierte er Naturwissenschaften und Medizin und im Jahre 1789 promovierte er mit einer Dissertation über das Verhältnis der Nerven zum Gehirn bei Menschen und Tieren.

Er besuchte im Anschluss die Heilanstalten in Wien, wo er sich für ein paar Monate aufhielt.

Auf einer Reise in die Schweiz verliebte sich Ebel in die Bergwelt der Alpen. So durchwanderte er die nächsten drei Jahre die Schweiz und machte neben naturwissenschaftlichen auch geographischen und volkskundlichen Studien. Darüber hinaus interessierte er sich auch für die Kunst und Geschichte des Landes.

Im Jahre 1793 ließ er sich in der Freien Reichsstadt Frankfurt am Main als Arzt nieder. In seiner Freizeit widmete er sich der Ausarbeitung und Publizierung seiner Reiseaufzeichnungen, die unter dem Titel »Anleitung auf die angenehmste und nützlichste Art in der Schweiz zu reisen« schließlich veröffentlicht wurden. Dieses Buch inspirierte Friedrich Schiller bei der Erarbeitung seines Dramas »Wilhelm Tell«.

Das Werk verschaffte Ebel einen europäischen Ruf. Das Buch erschien 1804 und 1810 in entsprechend überarbeiteten Neuauflagen.

In Form einer Reisebeschreibung erschienen zwischen 1798 und 1802 die »Schilderung der Gebirgsvölker der Schweiz«, die ihn als feinsinnigen Beobachter erkennen ließen. Es erschienen englische und französische Übersetzungen.

Im Jahre 1796 erschien eine Übersetzung der philosophischen und politischen Schriften Emmanuel Joseph Sièyes, eines führenden Kopfes der Französischen Revolution. Da er sich als Unterstützer der Ideen der Französischen Revolution outete, war er gezwungen Frankfurt zunächst zu  verlassen.

So begab er sich als Frankfurter Attaché nach Paris, wo er sich zusammen mit Samuel Thomas Soemmering anatomischen Studien widmete.

In Paris musste er mit ansehen, wie die französische Politik die traditionelle Freiheit und Unabhängigkeit der Schweiz gefährdete. Er war bemüht führenden Schweizer Politiker auf die drohenden Gefahren hinzuweisen. So befürwortete er eine auf Eigeninitiative basierende freisinnige Reform ihres Gemeinwesens, um die Unabhängigkeit der Schweiz zu schützen.

Für seinen Einsatz, der auch mit persönlichen Gefahren für seine Person verbunden war, verlieh ihm der Gesetzgebende Rath das Schweizer Bürgerrecht, das 1804 durch das Bürgerrecht der Stadt Zürich ersetzt wurde.

Im Jahre 1801 konnte er nach Frankfurt am Main zurückkehren, wo er sich mit der Aufarbeitung seiner geographischen Aufzeichnungen beschäftigte. Diese erschienen 1808 unter dem Titel »Ueber den Bau der Erde« in einer zweibändigen Ausgabe und lieferten ein lebendiges Bild der Alpen, die ausschließlich auf seinen Beobachtungen beruhten und nicht durch fremde Theorien beeinflusst waren. Dies führte zu manch fragwürdigen Theorien des Verfassers. So  versuchte er in diesem Buch  zuerst die Alpen als ein großes, zusammengehöriges Ganzes darzustellen, dessen innerste zentrale Teile aus mehr oder weniger steil gestellten Tafeln oder Platten des durch chemische Prozesse und durch vorwaltende Kristallisationskraft erzeugten Urgebirges zusammengesetzt sich dachte, während daneben in sechs oder mehr parallelen Seitenketten das durch mechanische Tätigkeit entstandene Flötzgebirge, die Kalkberge und die übrigen Schichtgesteine bis zur Molasse herab sich anlehnen, unter stetem Hinweis auf ein lebendiges Element, welches einer ungeheuren Voltaischen Säule in Kugelgestalt vergleichbar der Urorganisation der Erde zu Grunde läge. Diese Thesen wurden von dem Geologen Leopold von Buch und Alexander von Humboldt geteilt, während sein Freund Hans Conrad Escher von der Linth entsprechende Kritik äußerte.

Während seiner Frankfurter Zeit wurden ihn mehrfach Angebote zur Übernahme anatomischen Lehrstühle an deutschen Universitäten unterbreitet, die er jedoch stets ablehne. Selbst eine von Goethe initiierte Berufung nach Jena folgte er nicht.

Ab dem Jahre 1810 ging er erneut in der Schweiz und siedelte sich dauerhaft in Zürich an. Er widmete sich zum einen wohltätigen Zwecken. So organisierte er, von Freunden aus Deutschland unterstützt, während der Hungerjahre Brot- und Kleiderverteilungen in den Alpentälern und stellte Überlegungen an, um das Auskommen der Bergbevölkerung zu verbessern. Er gehörte auch zu den Pionieren des Schweizer Tourismus.

Darüber hinaus widmete er sich auch ernsthaften wissenschaftlichen Studien. So erschienen 1811 seine »Ideen über die Organisation des Erdkörpers« und im Jahre 1813 publizierte er seine politische Denkschrift »Abriss des politischen Zustandes des Schweiz«.

Daneben Beschäftigte er sich auch mit wissenschaftlichen Grenzgebieten, wie der Nutzung der Wünschelrute oder dem tierischen Magnetismus. Die »Malerische Reise durch die neue Bergstraße Graubündens« erschien im Jahre 1825.

Der Wissenschaftler stand mit den führenden Schweizer Gelehrten und Politikern im regen Austausch. Zu seinen Korrespondenzpartnern gehörten auch der Reichsfreiherr von und zum Stein, die Brüder Alexander und Wilhelm von Humboldt, der preußische Militärreformer Scharnhorst oder der Jurist Savigny.

 Als korrespondierendes Mitglied gehörte er der Bayerischen Akademie der Wissenschaften seit dem Jahr 1808 an. Er war auch Mitglied der Naturforschenden Gesellschaft in Zürich, die letztlich auch seinen wissenschaftlichen Nachlass testamentarisch übertragen wurde. Seit dem Jahre 1895 befindet sich dieser Nachlass im Staatsarchiv des Kantons Zürich und ein weiterer Teil seines Nachlasses wird von der Zentralbibliothek verwahrt. Das Schweizer Idiotikon bewährt eine Abschrift der von ihm gesammelten schweizerdeutschen Wörter.

Während er an den Neuauflagen seiner "Anleitung" und an der "Schilderung der schweizerischen Gebirgsvölker" arbeite, starb Ebel am 08.10.1830.