Johann Isaak Gerning wurde am 14.11.1767 als Sohn von Johann Christian Gerning, Hofrat des Herzogtums Gotha, geboren. Der Vater war ein anerkannter Bankier bedeutender Kunst-, Antiken- und Insektensammler, die Teile der Sammlung von Maria Sybilla Merian besaß.

Gering besuchte das Gymnasium in Frankfurt am Main um Kaufmann zu werden. Er war sehr sprachbegabt und beherrschte neben den Sprachen Griechisch und Latein sprach er zahlreiche europäische Sprachen. Er reiste viel in Europa und besuchte Holland, England, Frankreich, die Schweiz oder Italien. Zu Studienzwecken hielt er sich regelmäßig in Weimar, Ilmenau und Jena auf. So besuchte er zwischen 1794 und 1805 zur Poetik bei Carl Ludwig von Knebel, mit dem er eine lebenslange Freundschaft pflegte.

1794 hielt er sich an Hofe von Ferdinand IV. in Neapel auf. Für die Jahre 1797/98 plante er eine weitere Reise nach Italien. Goethe, den er hierzu einlud sagte diese jedoch kurzfristig ab. Fünf Jahre später veröffentlichte er unter am Titel »Reise durch Österreich und Italien«.

Mit der Familie Goethe war er bereits seit frühester Kindheit bekannt. Der Großvater mütterlicherseits, Johann Isaak Moors, folgte als Schöffe und Schultheiß auf Johann Wolfgang Textor, den Großvater Johann Wolfgang von Goethes. Beide waren durch ihre Frankfurter Herkunft und die väterliche Sammelleidenschaft verbunden. Auch ihre Liebe für Italien und die humanistische Bildung verbanden sie. Doch bestand zwischen ihnen keine Freundschaft. So schätzte Goethe die poetischen Werke Gernings nicht wirklich. Dennoch vermittelte er häufiger Sammlungsstücke an den Weimarer Dichterfürsten. Bei seinen häufigen Besuchen in Weimar vergaß er selten einen guten Taunustropfen ins Haus an Frauenplan mitzubringen.

Im Jahre 1798 nahm Gerning als Gesandter für das Königreich Neapel am Rastatter Friedenskongress teil. Im folgenden Jahr wurde er zum Geheimen Sicilianischen Legationsrath ernannt. Seit 1802 lebte Gerning in der Kronberger Altstadt und zwischen 1803 und 1807 bewohnte er ein weiteres Haus in Homberg, das sich schräg gegenüber dem Sinclair-Haus befand und später dem Neubau der evangelischen Erlöserkirche weichen musste. Er nannte seine Wohnsitze »Tauninum«. Er gilt auch als einer der Väter des Namens »Taunus«, das er zusammen mit den Landgrafen von Hessen-Homberg und dessen Kindern schuf, um den historischen Namen »Höhe« zu verdrängen.

Landgraf Friedrich V. machte ihm 1804 zum Geheimrat und durch Kaiser Franz II. erhielt er die Nobilitierung zum Freiherrn an 09.01.1805. Auch der Großherzog von Hessen-Darmstadt verlieh ihm den Titel eines Geheimrat in Jahre 1809.

Nach Ende der napoleonischen Herrschaft in Europa wurde er Gesandter des Landgrafen von Hessen-Homburg beim Bundestag in Frankfurt. In der Jahren 1817/18 gehörte er der Gesetzgebenden Versammlung der Freien Reichsstadt Frankfurt am Main an ehe er in Jahre 1818 als Gesandter der Landgrafschaft Hessen-Homburg noch London ging. Im gleichen Jahr wurde er zum Freiherren des Großherzogtums Hessen erhoben und in London wurde ihm der Guelphen-Orden verliehen.

Als Literat schrieb er Gedichte bei denen er das antike Versmaß bevorzugte. Seine Verse galten als gefällig aber nicht bedeutend. »Aus dem literarischen Pfuschen wird er wohl nie herauskommen« schrieb Goethe in einen Brief an den gemeinsamen Freund Knebel.

Er verfasste auch Reiseberichte, Zeitschriftenartikel sowie Abhandlungen zur Kunst und Altertümern. Auch Buch- und Theaterkritiker rundeten sein Werk ab.

Im Jahre 1819 erschien wohl sein wahrscheinlich wichtigstes Werk unter der Titel »Die Rheingegenden von Mainz bis Cölln«, das bereits in folgenden Jahr ins Englische übersetzt wurde. Damit legte er die Grundlage zur populären Romantisierung des Mittelrheins in England.

Er besaß zahlreiche Sammlungen, die er zum großen Teil von seinem Vater Johann Christian Gerning in Jahre 1802  geerbt hatte. 1816 forderte Johann Wolfgang von Goethe ihn in Aufsatz "Kunst und Altertum am Rhein und Main" auf, seine Sammlungen an das Herzogtum Nassau zu übergeben. Im Jahre 1814 gehörte er zu den Gründern des Vereins für Nassauische Altertumskunde und Geschichtsforschung und bereitete so die Übergabe der Sammlungen vor. So konnte er sich schließlich 1825 mit Nassau über die Sammlungsübernahme, mit Ausnahme, der zoologischen Bestände, gegen Zahlung einer Leibrente in Höhe von 2.000 Gulden. Die Sammlungen gingen an die Wiesbadener Landesbibliothek und bildeten den Grundstock für die drei Museen in Erbprinzenpalais, die 1973 durch das Land Hessen zum Museum Wiesbaden zusammenschloss.

Johann Isaak Gerning starb am 21.02.1837 in seiner Geburtsstadt Frankfurt am Main.