Maria Elisabeth von Habsburg war das sechste Kind und die fünfte Tochter der Erzherzogin Maria Theresia von Habsburg und des Kaisers Franz I. Stephany von Habsburg-Lothringen. Sie wurde am 13.08.1743 in Wien geboren.

Die junge Erzherzogin galt als Schönheit, jedoch auch als unbeständig und uninteressiert. Ihre Mutter nannte sie »eine Kokette der Schönheit«. Ihre Oberhofmeisterin Christine-Philippine de Herzelles übernahm später die Erziehung der einzigen Tochter des Kronprinzen Joseph, Maria Theresia (1762-1770), übertragen.

Die Bemühungen Maria Theresias und des Wiener Hofes die Erzherzogin in eine bedeutende politische Beziehung zu bringen, scheiterten jedoch. So wandte sich die russische Zarin Katharina II. gegen ihre geplante Hochzeit mit den polnischen König Stanislaus II. August von Polen. Eine Eheschließung mit dem französischen König Louis XV. scheiterte jedoch an ihrer Pockenerkrankung. Später ging ihre jüngere Schwester Marie Antoniette die Ehe mit den Dauphin Louis ein.

Die österreichische Erzherzogin Maria Elisabeth erkrankte im Alter von 24 Jahren an den Pocken. Dies führte zu ihrer Entstellung. Ebenfalls führten mehre Kröpfe zu einer weiteren Entstellung.

Nach dem Tode Erzherzogin Maria Theresias im Jahre 1780 beendete ihr Sohn Joseph die »Weiberwirtschaft« am Wiener Hof und sie musste, wie ihre unverheirateten Schwestern Maria Anna und Maria Christine den Wiener Hof verlassen. Die Erzherzogin begab sich nach Innsbruck, wo sie als Äbtissin des Adeligen Damenstifts Innsbrucks wurde, das im Jahre 1765 durch ihre Mutter gegründet wurde, gewählt.

In Tirol erhielt sie schnell den Beinamen »kropferte Liesl«. Diesen Beinamen erhielt die von den Pocken bereits Gezeichnete nachdem eine starke Korpulenz und ein dreifacher Kropf hinzugekommen war. Sie war aber auch durch ihre scharfe Zunge gefürchtet.

Nachdem der französische Kaiser Napoléon im Jahre 1805 Österreich den Krieg erklärte, flüchtete die Erzherzogin zunächst nach Wien und schließlich nach Linz.

Ihren Lebensabend verbrachte die Äbtissin Maria Elisabeth in Linz, wo sie am 22.09.1808 verstarb. Ihr Leichnam fand seine letzte Ruhe in der Gruft der Jesuitenkirche zu Linz.