Johann Martin Joseph Windeck wurde am 26.08.1765 in Bonn geboren.

Von 1786 bis 1791 studierte Windeck an der kurfürstlichen Universität zu Bonn Rechtswissenschaften.

Im Jahre 1798 trat der Jurist eine Stelle als Präsident der Domänenverwaltung an, die er bis zum Jahre 1803 ausübte. Ab 1803 gehörte er der Kommission zur Erwerbung der Domänen an. Seit dem Jahre 1800 war er auch als Notar in Bonn tätig.

Nachdem im Jahre 1814 die französischen Truppen sich über den Rhein zurückgezogen hatten, übernahm Windeck die Aufgaben eines Etappendirektors und beschaffte die Kontributionen, die ein russischer General von der Stadt Bonn einforderte. Noch im gleichen Jahr wurde er erstmals zum Munzipalrat ernannt.

Schon im folgenden Jahr wurde er unter Bürgermeister Belderbusch Erster Beigeordneter der Stadt Bonn. Als der Bonner Oberbürgermeister Belderbusch die Aufgaben des Landrats in Bonn übertragen wurden, übernahm der Kreisnotar Eilender kommissarisch die Amtsgeschäfte des Oberbürgermeisters.

Im Jahre 1817 wurde Windeck durch die preußische Regierung zum Oberbürgermeister Bonns eingesetzt. Damit missachtete man die einstimmige Wahl des Kölner Stadtrates, der sich für Casper Oppenhoff ausgesprochen hatte.

Eine seiner Ziele war es, die Sauberkeit in der Stadt zu erhöhen. Im Jahre 1826 erließ er eine entsprechende Marktordnung. Diese Marktordnung regelte erstmals, dass es zum Beispiel feste Marktplätze geben sollte.

In seine Amtszeit fallen auch die Pläne zur Schaffung einer Eisenbahnlinie zwischen Köln und Bonn. Die erste Versammlung des »Vereins zur Errichtung der Eisenbahn von Bonn nach Köln« fand in seiner Amtszeit statt, doch erlebte er die königliche Erlaubnis zum Streckenbau dieser Eisenbahnverbindung nicht mehr.

Seine Amtszeit war überschattet durch einen langjährigen Streit mit dem Landrat von Hymmen. 1838 eskalierte der Streit endgültig.

Der Bonner Stadtrat unter Leitung von Windeck tagte ohne Genehmigung des Landrats und fasste unter Umgehung desselben einen Beschluß, eine Delegation zur Einrichtung eines eigenständigen Bonner Landgerichts nach Berlin zu senden.

Der Landrat interveniere beim Regierungspräsidenten in Köln und Oberbürgermeister Windeck wurde ein Ordnungsgeld in Höhe von 10 Talern wegen Kompetenzüberschreitungen belegt. Gleichzeitig wurde ihm aufgetragen die der Stadt entstandenen Kosten in Höhe von 715 Tälern zurückzuerstatten.

Durch den langandauernden Konflikt mit dem Landrat litt auch seine Gesundheit.

Am 21.12.1839 starb Johann Martin Joseph Windeck im Alter von 74 Jahren und fand auf den Alten Bonner Friedhof seine letzte Ruhestätte. Das Grab ist heute ein städtisches Ehrengrab.

Seit dem Jahr 1908 erinnert die Windeckstraße in der Bonner Innenstadt ab ihn.

Sein Nachfolger wurde K.E.J. Oppenhoff, der bis 1850 das Amt des ersten hauptamtlichen Bürgermeisters ausübte.