Johann Nepomuk Schaller wurde am 30.03.1777 als Sohn eines Weißdrehers aus Waldmünchen bei Wien geboren. Er war der jüngere Bruder des späteren Historienmalers Anton Ferdinand Schaller

Von 1789 an besuchte er zunächst die Akademie der Künste und lernte bei Professor Hubert Maurer das elementare Figuren zeichnen. Zuvor begann er – wie es durch seine Eltern vorgesehen war – eine Ausbildung als Uhrmacher, doch sein Lehrer Hagenauer entdeckte jedoch das besondere Talent für Verzierungsskulpturen. Im Jahre 1791 wurde er Bossierlehrling der k.k. Porzellanmanufaktur, wo schon sein Vater arbeitete, und besuchte im Folgejahr den Unterricht von Antonio Grassi und Franz Anton von Zauner, die ihn auf seinen zukünftigen Werdegang als Bildhauer vorbereiteten.

Im Jahre 1801 wurde Schaller zum Modellmeister und zehn Jahre später erhielt er eine Anstellung als Obermodelleur. Seine Liebe zum Porzellan blieb zeit Lebens erhalten und so blieb der Künstler weiterhin künstlerischer Berater der Porzellanmanufaktur.

Durch den späteren Hofstatuar Leopold Kiesling angeregt, der Arbeiten aus Stein schuf, schuf er selbst erste eigenständige Skulpturen. Seine Arbeiten, die er aus Alabaster fertigte, regten zu großer Hoffnung an. Seine erste eigenständige Skulptur war eine 3 Meter hohe Figur des Philoket, der sich den Pfeil herauszog. Der Historienmaler Franz Caucig, ebenfalls Professor an der Akademie, war von dem Arbeiten Schallers derart begeistert, dass er einen Kontakt mit den Grafen Cobenzl vermittelte. Durch diesen Kontakt wurde ihm eine Pensionärstelle in Rom angeboten. Diese Reise konnte er jedoch erst im Jahre 1812 antreten, nachdem er die Pensionärsstelle von Leopold Kiesling erhalten hatte.

Nach dem Tiroler Aufstand im Jahre 1809 wollte Schaller ein Monument für den Tiroler Freiheitshelden Andreas Hofer realisieren. So fertigte er zunächst eine Porträtbüste des Tiroler Freiheitshelden. Den Plan eines großen Standbildes konnte er erst in den Jahren zwischen 1827 und 1833 verwirklichen.

Er bekam auch den Auftrag für das Piedestal, und Kieslings Gruppe »Venus und Amor« im Belvedere um ein marmornes Basrelief zu erweitern. Es stellte die von Diomed verwundete Venus dar die zu Mars kommt. Durch die Fürsprache des Staatsanzlers Fürsten Metternich konnte er nunmehr die Pensionärsstelle Kieslings im Jahre 1812 in Rom antreten.

Schaller blieb für 10 Jahre in Rom und fand Kontakt zu den Nazzarenern. Er lernte Antonio Canova und Bertel Thorwaldsen kennen. Er entwarf die berühmte Marmorgruppe des »Bellerophon, die Chimära erlegend« die im Salon des Kaisergartens aufgestellt wurde. Ein weiteres Werk aus seiner römischen Zeit war »Der schöne Genius des Todes« am Grabe der Freiin von Pillersdorf sowie den »Amor der einen Pfeil aus dem Köcher entnimmt« in Hietzing sowie eine aus dem Bade steigende Venus.

Ein Angebot des bayerischen Königs Ludwig I., der ihn an die Münchener Akademie holen wollte, lehnte er ab. Er fertigte jedoch für den bayerischen Monarchen eine kolossale Büste des österreichischen Generalfeldmarschalls Carl Fürsten von Schwarzenberg, die für die Walhalla in Regensburg gedacht war.

Im Jahre 1823 kehrte er nach Wien zurück, wo ihm die offene Professur der Bildhauerei an der Akademie verliehen wurde. Eine spätere Ernennung sowie zahlreiche weitere Akademiezugehörigkeiten folgten in den nächsten Jahren. Zu seinen frühen Werken nach der Rückkehr gehörte eine weitere kolossale Büste des Grafen Maximilian von Trautmannsdorff, dem österreichischen Gesandten und Hauptleiters der Unterhandlungen des Westfälischen Friedens von 1648, die ebenfalls für die Walhalla des bayrischen Königs vorgesehen war. Es folgten für verschiedenen Auftraggeber weitere zum Teil kolossale Büsten des Kaisers sowie für die bayrische Walhalla in Regensburg.

Johann Nepomuk Schaller starb nach einer kurzen Krankheit am 16.02.1842 in Wien. Er erfreute sich auf Grund seiner Werke und seiner Lehren allgemeiner Beliebtheit. Er erhielt ein Grab auf dem Wiener Zentralfriedhof.