Am 23.05.1734 wurde Franz Anton Mesmer in Iznang, heute ein Stadtteil der Gemeinde Moos am Bodensee, als drittes von neun Kindern des Försters Anton Mesmer und der Mutter Maria Ursula Michel, Tochter eines Schlossers, geboren. Sein Geburtshaus, ein Fachwerkgehöft in der Höristraße 10, ist heute noch erhalten. Die Familie Mesmers lebte schon über Generationen meist in der Bodenseeregion.

Zwischen 1742 und 1746 erhielt der junge Mann Musik- und Lateinunterricht im Kloster Grünenberg, das zwischen Moos am Bodensee und Gaienhofen lag. Fürstbischof Franz Konrad von Rodt gewährte ihm ein Stipendium, sodass er bis zum Jahre 1750 das Jesuitenkolleg in Konstanz besuchen konnte. Er nahm im Jahre 1750 das Studium der Logik, Metaphysik und Theologie an der Universität Dillingen, eine von Jesuiten geführten Bildungseinrichtung, auf. Im Jahre 1753 studierte er, trotz des Verlustes seines Stipendiums, für kurze Zeit am Jesuitenkolleg in Ingolstadt Theologie. Er belegte ebenfalls Vorlesungen in Mathematik, Philosophie, Physik, alte Sprachen sowie Französisch. In Ingolstadt kam er auch mit der Naturphilosophie in Berührung, die sein weiteres Leben entscheidend prägen sollte.

1759 immatrikulierte sich der Student zunächst in der juristischen Fakultät in Wien ehe er im folgenden Jahr an die medizinische Fakultät wechselte um bei Gerard von Swieten, Leibarzt Kaiserin Maria Theresias, und Anton de Haen, Begründer der Wiener medizinischen Schule zu studieren. Seine Lehrer waren beide Schüler des Leidener Mediziners, Chemikers und Botanikers Herman Boerhaave. Er beschäftigte sich auch mit den Auswirkungen der Planeten auf den menschlichen Körper, wodurch der durch den Johann Joseph Gaßner, einen katholischen Priester, inspiriert wurde. Im Jahre 1768 erhielt er nach der öffentlichen Disputation vor der Hohen medizinischen Fakultät unter Vorsitz seines Lehrers von Swieten und Anton von Störcks. Seine Arbeit trug den Titel »De planetarum influxu in corpus humanum«, die sich mit dem Einfluss der Planeten auf den menschlichen Körper auseinandersetzte. Er entwickelte die Idee, dass die gegenseitigen Anziehungskräfte der Planeten ein »subtiles physisches Fluidum« auf den menschlichen Körper ausübten. So stand für ihn sein postuliertes magnetisches Fluidum im engen Zusammenhang mit den seinerzeitigen Theorien zur Gravitation, zum Ferromagnetismus zur Elektrizität und Wärme und auch der zwischenmenschlichen Kommunikation. 

Mesmer ging am 10.04.1768 die Ehe mit der im April des Vorjahres verwitweten Anna von Posch, geborene Eulenschenk, ein.  Sie war eine reiche Witwe und im Besitz des Schlosses Rothmühle in Schwechat-Rannersdorf bei Wien.

Das Ehepaar zog in die Landstraße 261 in Wien ein. Neben einer großen Arztpraxis unterhielt er in dem Haus auch ein Labor. Als Musikliebhaber konnte er sich auch an einem eigenen Theater erfreuen. Zum Wiener Freundeskreis gehörten unter anderem die Musiker Christoph Willibald Gluck, Joseph Haydn sowie Leopold Mozart und den bereits als Wunderkind gefeierten Wolfgang Amadeus Mozart und seiner Schwester Nannerl.

Im Jahre 1774 konnte der Jesuit und Astronom Maximilian Hell mit einem Magneten erzielen. Er schrieb dem Magneten eine heilsame Wirkung auf tierische und menschliche Organismen zu. Er experimentierte selbst mit Magnetkuren und kam zu dem Ergebnis, dass nicht der Magnet sondern sein eigener körperlicher Einfluss die Heilerfolge auslöste. Im Jahre 1775 veröffentlichte er seine Forschungsergebnisse in einem »Sendschreiben an einen auswärtigen Arzt über die Magnetkur« der Fachwelt vor.
Seine Schriften, die er an zahlreiche Akademien versandte, stießen bis auf Berlin und München stets auf Ablehnung. Die Berliner Akademie antwortete zurückhaltend während man ihn nach München einlud um den Fall des Exorzistenpaters Johann Joseph Gaßner zu untersuchen.

Pater Gaßner hatte in den Jahren 1774 und 1775 mit einer mittelalterlichen Theorie des Exorzismus zwischen allgläubigen Katholiken und Aufklärern heftige Konflikte losgetreten. Diese überholten Lehren galten den meisten Menschen als Aberglauben, dem man überwinden müsse. Im Auftrage des Kurfürsten Max III. Joseph untersuchte er die Methoden des Exorzisten auf Basis seiner »naturwissenschaftlichen«, aufgeklärten Theorie und gab praktische Beweise für die Wirksamkeit des tierischen Magnetismus, sodass man die Heilerfolge Gaßners entmystifizieren konnte. Pater Gaßner wurde in Folge jede öffentliche Behandlung untersagt wurde. Seit dem 28.11.1775 gehörte Mesmer der Bayerischen Akademie der Wissenschaften als auswärtiges Mitglied an.
Die Wiener Medizinische Fakultät standen jedoch seinen Thesen sehr ablehnend gegenüber. Als er eine Klinik für seine Heilmethoden erfolgreich gründete, formierten sich seine Gegner. Der Fall der Pianistin Maria Theresia Paradies, die im dritten Lebensjahr erblindete, diente ihnen als Beweis für die Unwirksamkeit seiner Therapie.

Am 20.01.1777 nahm Mesmer die etwa 18 Jahre alte Maria Theresia Paradies in seiner Klinik auf. Vermutlich im dritten Lebensjahr erblindete sie auf Grund eines traumatischen Erlebnisses. Sie galt bei ihren Zeitgenossen als pianistisches Wunderkind.
Nach den Aufzeichnungen des Vaters schien Mesmer konnten schon nach kurzer Zeit einen ersten Heilungserfolg erzielen. Doch sah sie sich auch schnell mit den Auswirkungen der »Heilung« konfrontiert, da sie sehend nicht mehr so gut Klavier spielen konnte. Das taktil-kinästnetische Muster war durch visuelle Reize zerstört. Sie war nun nicht mehr die gleiche Attraktion und das Einkommen von ihr und der Familie war nun gefährdet und am 06.06.1777 erlitt sie einen profunden Rückfall.
Der Fall von Maria Theresia Paradies sorgte für eine Schädigung des Rufs des Mediziners und man bezichtigte ihm sogar des Betrugs. Kaiserin Maria Theresia einberufene Expertenkommission fest, dass seine Heilmethode Betrug sei.
Am 20.01.1778 ging Franz Anton Mesmer schließlich nach Paris, wo er am Place Vendôme ein Haus gemietet hat. Die Wiener Gesandtschaft unterstützte ihm beim Aufbau einer Praxis. Schnell kamen die Menschen zu ihm, doch die Pariser Medizinische Fakultät war ebenfalls gegen seine Heilungsmethoden eingestellt. Eine von der Universität eingesetzte Kommission kam zum gleichen Ergebnis wie die Wiener Kommission:

Man stellte das Fehlen eines Fluidums fest, Berührungen, Einbildung und Nachahmung sind die Ursachen dieses neuen ,Agens‘, das unter dem Namen ,Tierischer Magnetismus‘ bekannt ist.

Die »Abhandlung über die Entdeckung des tierischen Magnetismus« enthielt 27 von ihm formulierte Leitsätze. Das französische Königspaar Ludwig XVI. und Marie Antoinette boten ihm eine höhere Geldsumme. Doch ging es ihm um die Anerkennung seiner Methode. Er zog vorübergehend nach Spa.

Nicolas Bergasse gelang es in Form einer Subskription einen Betrag von rund 340.000 Livres einzusammeln, obwohl nichts über die genauen Behandlungsmethodik bekannt war, und Messner zur Rückkehr nach Paris zu bewegen. Mesmer verlagerte sich nun darauf seine »heilsame Praktik« in zwanzig geschlossenen Vereinen mit dem Namen »Gesellschaft der Harmonie« in ganz Frankreich zu verbreiten. Hierbei bildete er »Lehrer« aus, die seine Methoden zum Wohle der Menschen ausübten. Er verfasste in jener Zeit seine Maßregeln zur Heilbehandlung in französischer Sprache, die er erst seit seinem Aufenthalt in Frankreich erlernt hatte. Zu seinen Schülern gehörte der spätere Befehlshaber der Pariser Nationalgarde La Fayeette.

Im Jahre 1784 sah sich die französische Regierung, durch den Erfolg der Mesmerschen Bewegung, genötigt, eine königliche Kommission zur Untersuchung des Phänomens einzusetzen. In der Kommission saßen unter anderem Jean-Sylvain Balley, Joseph-Ignace Guillotin, Benjamin Franklin und Antoine Laurent de Lavoiser. Zusammen mit der Königlichen Medizinischen Gesellschaft kam sie jedoch zu einem sehr ungünstigen Urteil über die Methoden des tierischen Magnetismus, da sie keine klare Beweiskette zwischen Behandlung und Heilungserfolg nachweisen konnte. Dies bedeutete auch das Ende für die wissenschaftliche Anerkennung der tierischen Magnetismus für die Mesmer sich bis zu seinem Tode einsetzen wird.
Auf Grund der aufziehenden Französischen Revolution verließ er Frankreich um in seine badische Heimat zurückzukehren und um weitere Reisen durch Deutschland und England zu unternehmen.

In Baden hatte sich der Johann Caspar Lavater für die Lehren des Magnetismus beim Markgrafen Karl Friedrich eingesetzt. Nach einigen wissenschaftlichen Untersuchungen erkannte dieser am 17.03.1788 in einem geheimen Kabinettsprotokoll die Lehre des tierischen Magnetismus an und Anhänger von Franz Anton Mesmer konnten in praktizieren. Im Juni 1788 erreichte er Karlsruhe.

Nach dem Tode seiner im Jahre 1790 verstorbenen Frau kehrte er 1791 nach Wien zurück um den Nachlass zu regeln. In den Jahren 1792 und 1793 hielt er sich erneut in Paris auf. Er erreichte am 14.09.1793 erneut Wien, und wurde wegen jakobinischer Gesinnungen denunziert und am 17.11.1793 inhaftiert. Er wurde jedoch bereits am 09.12.1793 wieder entlassen, da Polizeiberichte ihn entlasteten. Auf Grund staatsgefährdender frecher Reden wurde der Mediziner jedoch in die Gegend seines Geburtsortes verwiesen und unter Bewachung gestellt.

Er ging in die Schweiz, wo er im Jahre 1794 das Landrecht von Thurgau erwarb. Er lebte nun bis zum Jahre 1798 in Wagenhausen (TG) bei Stein am Rhein. Er lebte nun in der Nähe seiner alten Bodenseeheimat. Auch in der Schweiz fanden MesmersLehren wenig Zuspruch.

Im Jahre 1798 ging er wieder nach Paris zurück, wo er zum Millionär aufstieg, doch war seine Staatsanleihe in französischen Staatspapieren in den revolutionären Jahren entwertet worden. Es gelang ihm jedoch im gleichen Jahr noch eine Leibrente von 3.000 Francs zu erhalten, die ihm später auch nach Deutschland ausgezahlt wurden.

In seinen Pariser Jahren betätigte sich der Mediziner wieder schriftstellerisch und er veröffentlichte die »Mémoire sur ses découvertes« (1799) und seine »Briefe über den Ursprung der Blattern« (1800) heraus.
Im Jahr 1801 zog Mesmer nach Versailles und im Winter 1802/1803 ging er nach Riedetsweiler nördlich von Merseburg zurück.

Zwischen 1808 und 1812 lebte er zurückgezogen in Frauenfeld (TG) und betrieb dort eine kleine Praxis. Auch im höheren Alter behandelte er unentgeltlich arme Kranke aus der Umgebung. Der Arzt Joseph Anton Zugenbühler nach Frauenfeld und verfasste den Artikel »Nachricht von Mesmers jetzigem Leben und Aufenthalt«, der im »Journal der practischen Heilkunde« publiziert wurde. Hufeland, in dessen Zeitschrift der Artikel erschien fügte noch ein wohlwollendes Nachwort zum Aufsatz hinzu.

Im folgenden Jahr besuchte ihn der Jenaer Naturphilosoph Lorenz Oken. Beide Männer  hatten in ihren theoretischen Arbeiten zahlreiche Übereinstimmungen. Oken vermittelte einen Kontakt zum Berliner Arzt und Naturphilosophen Johann Christian Reil.
Versuche von Reil Mesmer nach Berlinzu holen scheiterten. Stattdessen lud er Reil nach Frauenholz ein. In Berlin wurde unter dem Vorsitz von Christoph Wilhelm Hufeland eine Untersuchungskommission zum tierischen Magnetismus eingesetzt. Der Arzt Karl Christian Wolfart, der Mitglied der Kommission war, wurde nach Frauenfeld geschickt und von Franz Anton Mesmer sowohl in Theorie als auch Praxis unterrichtet. Wolfart nahm die Schriften und Aufzeichnungen Mesmers aus mehr als vierzig Jahren mit nach Berlin, wo er diese als Buch herausgeben sollte. Im Jahre 1813 wurde der Druck beauftragt und 1814 im Verlag Nikolai erschien es unter dem Titel »Mesmerismus oder System der Wechselwirkungen«. Die Publikation gliedert sich in zwei Teile. Im ersten Teil »Physik« werden Mesmers praktische Heilbehandlung und seine Erklärung des Heilphänomens behandelt während im zweiten Teil »Moral« der Staat, Verfassung, Erziehung, Strafgesetzbuch, Abgaben sowie Maße und Gewichten betrachtet werden.

An mehreren preußischen Universitäten wurden Lehrstühle für tierischen Magnetismus gegründet. So wurde Wolfart im Jahre 1817 Professor für Heilmagnetismus an der Universität Berlin. Weitere Lehrstühle gab es in Bonn unter Christian Friedrich Nasse, Halle unter Peter Krukenberg, Gießen unter Johann Bernhard Wilbrand und unter Kieser in Jena.

Im Jahre 1812 zog Mesmer nach Konstanz und bezog Zimmer im Hardthaus, die zu jener Zeit als Posthalterei geführt wurde. Im Sommer 1814 ging er nach Merseburg, wo er zunächst in Riedetsweiler (heute ein Stadtteil von Merseburg) in einer wohnlich eingerichteten Scheune lebte. Im Herbst 1814 zog er mit seiner Haushälterin, der Dienstmagd und dem Diener in das Gebäude des Heilig-Geist-Spitals in Merseburg in die Pfrünnerstube im 1. Stockwerk ein, die ihm sein Neffe Spitalpfleger Cajetan Strommayer vermittelt hatte.

Am 26.02.1815 erlitt Mesmer einen Schlaganfall, an dessen Folgen er am 05.03.1815 starb.

Entsprechend seines Testaments wünschte er sich eine Autopsie, insbesondere um die Ursache seines langjährigen Blasenleidens zu finden. Die Leiche sollte schließlich bei einer schlichten Beerdigung auf dem Merseburger Friedhof beigesetzt werden.
Die Lehren Mesmers von der Lebenskraft und dem Magnetismus erlebt während der Romantik eine erneute Blüte. So spielte der Tierische Magnetismus in E.T.A. Hoffmanns Texten »Der Magnetiseur« und »Das oede Haus« eine bedeutende Rolle.
Seine Lehren hatten auch auf verschiedene Bereiche der Psych ologie große Auswirkungen, wie zum Beispiel auf den Somnambulismus von Armand Marie Jacques de Chastenet de Puységur oder der Psychoanalyse Siegmund Freuds. Auch der Köthener Wunderheiler Arthur Lutze wandte Mesmers Magnetisiermethoden noch bis in die Mitte des 19. Jahrhunderts bei Tausenden von Patienten erfolgreich an.

Anlässlich seines 200.Todestages organisierte das Heilig-Geist-Museum in Merseburg vom 24.04. bis 27.09.2015 enie Sonderausstellung über Mesmer. Zu der Ausstellung »Magie des Heilens. Die Wundersamen Erkundungen de F.A. Mesmer« wurden zahlreiche originale Stücke zu Mesmer aus Archiven und Museen zusammengetragen. In einem Buchraum wurden 500 exemplarische Titel über Mesmerund dem Mesmerismus aus vielen Ländern ausgestellt.