Wilhelm von Müffling wurde am 08.09.1778 als drittes Kind des preußischen Kapitän Friedrich Wilhelm von Müffling, der später als Generalmajor an den Folgen seiner bei Jena erlittenen Verletzung starb. Der spätere Generalfeldmarschall Karl von Müffling war sein älterer Bruder und diente im Kriege von 1813/14 als Generalquartiermeister bei Blücher und im Feldzug von 1815 war er der preußische Verbindungsoffizier im Hauptquartiere Wellingtons.

Wilhelm von Müffling trat am 01.12.1790 als Gefreitenkorporal in das Infanterieregiment »von Thadden« Nr. 3, wo auch schon sein Vater über 30 Jahre zuvor seinen Dienst in der preußischen Armee begann. Während des Feldzuges von 1792 bis 1795 nahm von Müffling in der Kanonade von Valny am 20.09.1792 sowie an den Schlachten von Kaiserslautern und Trippstadt teil. Er nahm auch bei den Blockaden von Landau sowie Verdun teil. und wurde bei der Belagerung des revolutionären Mainz verwundet.

Im Oktober 1805 wurde von Müffling zum Generaladjutanten beim Regimentschef Johann Jeremias von Renuoard und im folgenden Jahr, als Preußen gegen Frankreich ins Feld zog, kämpfte von Müffling bei Auerstedt, wo er erneut verwundet wurde.

Nach dem Frieden von Tilsit im Jahre 1807 wurde er in der Armee belassen. Er erhielt das Kommando über eine Kompanie im Regiment Garde, wo er am 12.01.1812 sein Majorspatent erhielt. Im Juni folgte seine Ernennung zum Kommandeur des II. Bataillons.

Während der Befreiungskriege kämpfte von Müffling bei Großgörschen. Für seinen Einsatz in dieser Schlacht wurde ihm das Eiserne Kreuz II. Klasse und der Orden von der Heiligen Anna II. Klasse verliehen. Auch bei Bautzen und Haynau stand er mit seinem Bataillon im Gefecht.

Am 19.06.1813 wurde von Müffling, das Kommando über das 2. Garderegiment zu Fuß übergeben. Mit diesem Regiment nahm er im Oktober 1813 an der Völkerschlacht von Leipzig teil und führte seine Truppen in der Folge bis nach Paris. Für seine Verdienste in diesem Feldzug verlieh ihm der preußische König Friedrich Wilhelm III. den Orden Pour le Merite mit Eichenlaub und auch Zar Alexander verlieh ihm den Wladmir-Orden III. Klasse.

Nach dem Wiener Kongress folgte am 01.07.1815 seine Beförderung zum Obersten und am 07.02.1816 wurde ihm das Kommando über die Truppenbrigade in Mainz und Luxemburg übergeben. Zwei Jahre später stieg er zum Inspekteur der Besatzungen der Bundesfestungen Mainz und Luxemburg auf. Am 30.03.1820 wurde von Müffling mit Patent vom 03.04. gleichen Jahres zum Generalmajor befördert und als solcher am 27.09.1821 in Vertretung zum Kommandanten von Mainz ernannt. Diese Aufgabe nahm er bis Ende September 1824 wahr und trat dann in sein Amt als Inspekteur zurück ehe man ihm am 22.10.1829 zum Kommandanten von Mainz ernannte. Nach dem Tode des bisherigen Gouverneurs von Mainz, Ferdinand Friedrich August von Württemberg wurde Wilhelm von Preußen, der jüngste Bruder König Friedrich Wilhelm III., zum Gouverneur von Mainz und von Müffling stieg 1834 zum Vizegouverneur auf.

Am 30.03.1834 erhielt von Müffling den Charakter eines Generalleutnants bevor ihm im folgenden Jahr das Patent zu seinem Dienstgrad ausgehändigt wurde. Nach 23 Jahren verließ Wilhelm von Müffling Mainz. Die Bürger von Mainz bedankten sich mit der Verleihung der Ehrenbürgerwürde an den General. Auch erhielt er zahlreiche Orden während seiner Mainzer Zeit verliehen. Im Jahre 1834 wurde er mit dem österreichischen Orden der Eisernen Krone I. Klasse ausgezeichnet. Zwei Jahre später, es war der 02.12.1836, wurde er mit dem Großkreuz des Ludwigsordens, einem großherzoglich-hessischen Verdienstorden und am 14.12.1839 erhielt er das Großkreuz des österreichisch-kaiserlichen. Leopold-Ordens.

König Friedrich Wilhelm III. ernannte den General am 08.10.1839 zum Gouverneur von Koblenz und Ehrenbreitstein. Anlässlich seines 50. Dienstjubiläums wurde Generalleutnant von Müffling am 23.03.1840 der Rote Adlerorden I. Klasse mit Brillanten verliehen.

Auf Grund seiner sich verschlechternden Gesundheit erbat Wilhelm von Müffling seine Pensionierung, die ihm am 19.10.1843 gewährt wurde. Der König gewährte ihm eine jährliche Pension in Höhe von 4.000 Talern.

General von Müffling heiratete dreimal. Seine erste Ehefrau war Johanna Wilhelmine Charlotte Wucherer (1785-1809), die kurz nach der Geburt der Tochter Emma (1809-1830) verstarb.

Mit Auguste von Thadden (1793-1874) hatte er vier Kinder. Sein Sohn Wilhelm (1817-1860) war preußischer Major während Karl (1819-1867) preußischer Rittmeister a.D. war und dann die Aufgaben des Bürgermeisters von Hasselbach wahrnahm. Seine beiden Töchter Maria Charlotte Henriette Leopoldine von Bibra und Natalie von Grawert heirateten preußische Offiziere. Auguste von Müffling und Wilhelm von Müffling löste Ihre Ehe durch Scheidung auf.

Auguste Friederike Therese Ferdinande Leopoldine von Nordeck zur Rabenau (1798-1848) heiratete er am 16.04.1830 in Frankfurt. Aus dieser Ehe stammte die Tochter Pauline Wilhelmine von Nordenflycht (1833-1854) heiratete einen mecklenburgisch-strelitzschen Kammerherrn und Oberforstmeister.

General Wilhelm von Müffling starb als Pensionär am 15.07.1858 in Koblenz.